GST pull-down

GST pull-down融合蛋白沉降技術，利用基因重組將帶有GST標簽的載體插入到目標蛋白A上，Glutathione包裹的磁珠與目標融合蛋白結合，加入細胞裂解液后，具有相互作用的蛋白被融合蛋白吸附，加入過量的Glutathione進行洗脫，洗脫后的樣品通過質(zhì)譜分析法對樣品進行分析鑒定。GST pull-down融合蛋白沉降技術蛋白相互作用分析主要是研究體外強烈或者穩(wěn)定的蛋白質(zhì)間相互作用；可以鑒定兩種已知的感興趣蛋白質(zhì)可能存在的直接相互作用；尋找可能與目標蛋白存在相互作用關系的未知蛋白。

除了確認蛋白質(zhì)之間的相互作用外，GST pull-down融合蛋白沉降技術蛋白互作分析法還可用于表征蛋白相互作用的條件。例如，使用蛋白質(zhì)結構域截短法進行pull-down法可以對蛋白質(zhì)相互作用至關重要的功能區(qū)域進行確定。此外，GST pull-down融合蛋白沉降技術蛋白相互作用分析法還可用于探索目的蛋白質(zhì)相互作用的伴侶，將“誘餌”蛋白與混合蛋白溶液或細胞/組織提取物一起孵育。洗滌步驟后，可以通過高通量方法洗脫并對結合的蛋白質(zhì)進行質(zhì)譜鑒定。

DNA pull-down

DNA Pull down實驗是用脫硫生物素標記特異性DNA探針，脫硫生物素探針可以和偶聯(lián)在磁珠上的鏈霉親和素親和結合。提取物與磁珠-DNA探針孵育，作用蛋白質(zhì)分子可以和DNA探針特異性結合；經(jīng)過洗滌可以將非特異性結合蛋白質(zhì)去除；用 Western Blot或質(zhì)譜對產(chǎn)物進行檢測分析。DNA pull-down以感興趣的DNA序列為探針，尋找與該序列結合的蛋白質(zhì)，最常見的應用是尋找某特定基因啟動子區(qū)域的轉錄因子。

RNA pull-down

RNA pull down實驗是檢測RNA結合蛋白與其靶RNA之間相互作用的主要實驗方法之一。使用體外轉錄將RNA進行生物素標記，并與細胞蛋白裂解液孵育，形成RNA-蛋白復合物。復合物通過磁珠結合后分離，復合物純化洗脫后通過Western blot驗證檢測特性的蛋白。若篩選可能結合的蛋白通過質(zhì)譜實驗進行檢測篩選。

circRNA pull-down

目前circRNA pull-down技術絕大部分的報道都是基于接口序列附近的互補序列設計探針進行捕獲，由于環(huán)狀RNA和對應序列的高度相似性，僅僅通過接口附近序列設計互補探針很難完全排除來源基因的干擾，有些分子甚至沒法設計出理想的捕獲探針。

        采用一種標簽特異性環(huán)狀RNA，通過將RNA標簽體系引入環(huán)狀RNA中，通過RNA標簽和捕獲蛋白的高度特異且穩(wěn)定相互作用，進行靶分子捕獲和相互作用分子的捕獲和捕獲產(chǎn)物檢測。通過circRNA過表達載體引入外源標簽，可以非常有效的去除來源基因的背景干擾，使此實驗體系中獲得的標簽特異性環(huán)狀RNA捕獲特異性更強，效率更高。