基因芯片（genechip）（又稱DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的?；蛐酒臏y(cè)序原理是雜交測(cè)序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進(jìn)行核酸序列測(cè)定的方法，在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。當(dāng)溶液中帶有熒光標(biāo)記的核酸序列，與基因芯片上對(duì)應(yīng)位置的核酸探針產(chǎn)生互補(bǔ)匹配時(shí)，通過確定熒光強(qiáng)度最強(qiáng)的探針位置，獲得一組序列完全互補(bǔ)的探針序列。據(jù)此可重組出靶核酸的序列。

1）基因表達(dá)譜芯片

基因表達(dá)譜芯片可使科研工作者實(shí)現(xiàn)在 mRNA 水平上同時(shí)平行研究成百上千乃至上萬條基因的表達(dá)關(guān)系。它的主要用途是用于大規(guī)模分析一定的生物對(duì)象在特定生物過程中（如疾病、發(fā)育、分化、凋亡等）基因表達(dá)變化的信息。包括Agilet基因芯片和Affymetrix芯片。

2）miRNA表達(dá)譜芯片

篩選差異表達(dá) miRNA，差異miRNA靶基因預(yù)測(cè)。包括Agilet基因芯片和Affymetrix芯片。

3）lncRNA表達(dá)譜芯片

篩選與特定疾病相關(guān)的差異表達(dá)lncRNA和mRNA，lncRNA的cis/trans靶基因預(yù)測(cè)及lncRNA功能調(diào)控分析。包括Shbio lncRNA芯片。

4）circRNA表達(dá)譜芯片

環(huán)狀RNA（circRNA）是一類由特殊剪接機(jī)制形成的、具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)、大量存在于真核轉(zhuǎn)錄組中的非編碼RNA，也是目前生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)分子。circRNA分子的組織特異性、疾病特異性、時(shí)序特異性及高穩(wěn)定性等特征，使得circRNA作為臨床疾病的biomarker具有明顯的優(yōu)勢(shì)。近來研究顯示，環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用，稱之為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（ceRNA），即能競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合miRNA。而與疾病關(guān)聯(lián)性miRNA的相互作用說明環(huán)狀RNA對(duì)疾病的調(diào)控起著非常重要的作用。此外，一些內(nèi)含子類型的環(huán)狀RNA（ciRNA）會(huì)促進(jìn)宿主基因的轉(zhuǎn)錄。為了能夠更好地研究circRNA，美國(guó)Arraystar公司在首款circRNA芯片基礎(chǔ)上迅即升級(jí)版本為V2.0。其circRNA來源融合了環(huán)狀RNA研究的高水平文獻(xiàn)，所有cicrRNA都經(jīng)過了嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膶?shí)驗(yàn)驗(yàn)證，以便于對(duì)不同生理及病理?xiàng)l件下的circRNA進(jìn)行系統(tǒng)的研究。同時(shí)我們對(duì)所有差異表達(dá)的circRNA用高匹配值的miRNA靶標(biāo)位點(diǎn)進(jìn)行了標(biāo)注，這將有利于對(duì)circRNA作為天然miRNA海綿功能的進(jìn)行研究。

5）甲基化芯片

Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（850K芯片），為研究者提供了一個(gè)可靠且經(jīng)濟(jì)高效的甲基化分析平臺(tái)。并為 FFPE 樣本的檢測(cè)改進(jìn)了 protocol，以獲得更可靠和穩(wěn)定的結(jié)果。廣泛應(yīng)用于干細(xì)胞研究、腫瘤和其他復(fù)雜疾病研究，是目前適合表觀基因組全關(guān)聯(lián)分析研究的全基因組 DNA 甲基化芯片。