單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNP）主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性，包括堿基的顛換、轉(zhuǎn)換、插入和缺失。它是人類可遺傳變異中最常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90%以上。SNP作為第三代分子標(biāo)記，被廣泛應(yīng)用于分子遺傳學(xué)、法醫(yī)物證檢驗(yàn)以及疾病診斷和治療等眾多領(lǐng)域。

1）測序法

Sanger測序是DNA序列分析的經(jīng)典方法，可直接獲取核酸序列信息，是SNP檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”。而且，Sanger測序可發(fā)現(xiàn)未知的 SNP位點(diǎn)，確定SNP 的突變類型和突變位置，是一種無法替代的最直接、最準(zhǔn)確的SNP檢測方法。

2）TaqMan探針法

TaqMan探針是一種雙標(biāo)記、自淬滅的水解探針，其5’和3’末端分別標(biāo)記熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)，在探針結(jié)構(gòu)完整時兩者距離較近，熒光基團(tuán)的信號可被淬滅。而在PCR擴(kuò)增過程中，若TaqMan探針與靶標(biāo)序列完全匹配，探針則可結(jié)合在DNA模板上，此時Taq酶延伸至探針位置時，其外切酶活性將切割水解探針，釋放熒光基團(tuán)，使得熒光信號增強(qiáng)。而且，隨著擴(kuò)增產(chǎn)物的增多，熒光信號越來越強(qiáng)，從而可通過儀器實(shí)時監(jiān)測熒光信號的變化過程。針對雙等位基因SNP，可分別設(shè)計(jì)兩種對應(yīng)的探針，只有探針與模板完全匹配時，在擴(kuò)增擴(kuò)增過程中探針可被水解產(chǎn)生較強(qiáng)的熒光信號，而如果探針與靶序列之間存在錯配，其熒光強(qiáng)度將會減弱，由此可通過熒光強(qiáng)度檢測SNP位點(diǎn)。

3）ARMS-PCR法

擴(kuò)增阻滯突變系統(tǒng)PCR（Amplification Refractory Mutation System PCR，ARMS-PCR），又稱為等位基因特異性PCR（Allele-Specific PCR，AS-PCR），是基于Taq DNA 聚合酶無法修復(fù)引物3’末端的單個堿基錯配，從而使得擴(kuò)增受阻的檢測方法。在擴(kuò)增過程中，只有當(dāng)引物3’末端的堿基與SNP位點(diǎn)的等位基因互補(bǔ)配對時，才能正常延伸擴(kuò)增；而當(dāng)引物3’末端的堿基與SNP位點(diǎn)的等位基因不互補(bǔ)配對時，則不發(fā)生擴(kuò)增反應(yīng)，由此對擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行凝膠電泳或熒光PCR檢測，則可確定SNP基因型。

4）分子信標(biāo)法

分子信標(biāo)是一段雙標(biāo)記的寡核苷酸探針，其5’末端和3’末端分別標(biāo)記熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)，且探針5’端和3’端的部分堿基可互補(bǔ)配對，從而形成莖環(huán)結(jié)構(gòu)，使得熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)相互靠近而熒光信號較低。分子信標(biāo)的環(huán)狀結(jié)構(gòu)部分包含SNP檢測位點(diǎn)，當(dāng)模板與分子信標(biāo)環(huán)狀結(jié)構(gòu)的核酸序列完全匹配時，分子信標(biāo)可與模板雜交形成伸展?fàn)顟B(tài)，從而導(dǎo)致熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)的空間距離拉大，熒光信號增強(qiáng)，因此可被儀器檢測，并確定SNP位點(diǎn)。

5）高分辨率熔解曲法

高分辨熔解曲線分析技術(shù)（high-resolution melting analysis，HRM）是通過特定染料與擴(kuò)增后產(chǎn)物結(jié)合后形成特定的熔解峰進(jìn)行分析檢測的方法，其使用的特料為飽和熒光染料，具有更強(qiáng)的DNA結(jié)合能力，且不影響PCR擴(kuò)增，在DNA解鏈過程中也不會發(fā)生重排，使得熔解曲線具有更高的分辨率。核酸片段的固有特性，如DNA序列的長度、GC含量和堿基互補(bǔ)性差異等，均能影響高分辨率熔解曲線，而結(jié)合高精度熒光定量PCR儀，其分辨精度則可達(dá)到對單個堿基差異的區(qū)分，從而可用于確定SNP位點(diǎn)。

6）CAPS法

酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAPS），又稱限制性片段長度多態(tài)性聚合酶鏈反應(yīng)（PCR-RFLP），是PCR技術(shù)與RFLP技術(shù)相結(jié)合的檢測方法。該方法基于DNA片段在酶切位點(diǎn)上的堿基變異，采用相應(yīng)的限制性內(nèi)切酶，對該DNA片段的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切，從而產(chǎn)生不同的電泳圖譜，由此確定SNP位點(diǎn)的堿基類型。