定量蛋白質(zhì)組學是蛋白質(zhì)組研究的重要內(nèi)容，通過對基因表達產(chǎn)物——蛋白質(zhì)的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達情況。近年來，隨著非凝膠技術(shù)的發(fā)展，“鳥槍法”蛋白質(zhì)組學（“Shotgun”proteomics）技術(shù)，特別是多維蛋白質(zhì)鑒定（Multidimensional Protein Identification，MudPIT）已成為研究復雜生物樣本中大規(guī)模蛋白質(zhì)表達和定性和定量分析的強有力工具。

在非標記策略的定量模型中，主要涉及兩種不同的算法：其一，以肽段的色譜峰積分面積為基礎，通過比較一對生物樣品中相對應到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度；其二，以肽段被質(zhì)譜檢測的計數(shù)為基礎，通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標記技術(shù)認為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率（Counts）與其在混合物中的豐度成正相關，因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度，通過適當?shù)臄?shù)學公式可以將質(zhì)譜檢測計數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來，從而對蛋白質(zhì)進行定量。