染色質免疫共沉淀技術的原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質-DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。

這項技術通過蛋白質與DNA互作來分析目標基因活性以及已知蛋白質的靶基因，被廣泛應用于體內轉錄調控因子與靶基因啟動子上特異核苷酸序列結合方面的研究。該技術常與DNA芯片和分子克隆技術相結合。